Jeff Wereszczynski: шукати на сайті Z-Library

Журнал:

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 48 KB

english, 2018

Atomistic Scale Effects of Lipopolysaccharide Modifications on Bacterial Outer Membrane Defenses

Журнал:

Evoli, Stefania, Wereszczynski, Jeff

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.59 MB

english, 2018

Molecular Dynamics Simulations of Brg1 Bromodomain Interacting with DNA in Both Presence and Absence of Brg1 AT-Hook

Журнал:

Rice, Amy, Rooney, Mary, Greenwood, Alexander I., Cotten, Myriam L., Wereszczynski, Jeff

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 40 KB

english, 2018

Lipopolysaccharide Simulations are Sensitive to Phosphate Charge and Ion Parameterization

Журнал:

Journal of Chemical Theory and Computation

Рік:

2020

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.91 MB

english, 2020

Impact of calcium on N1 influenza neuraminidase dynamics and binding free energy

Morgan Lawrenz, Jeff Wereszczynski, Rommie Amaro, Ross Walker, Adrian Roitberg, J. Andrew McCammon

Журнал:

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 409 KB

english, 2010

Simulations of the p97 complex suggest novel conformational states of hydrolysis intermediates

Jeff Wereszczynski, J. Andrew McCammon

Журнал:

Protein Science

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.50 MB

english, 2012

Thermodynamic integration to predict host-guest binding affinities

Morgan Lawrenz, Jeff Wereszczynski, Juan Manuel Ortiz-Sánchez, Sara E. Nichols, J. Andrew McCammon

Журнал:

Journal of Computer-Aided Molecular Design

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 441 KB

english, 2012

Comparison of Dynamics of Extracellular Accesses to the β1 and β2 Adrenoceptors Binding Sites Uncovers the Potential of Kinetic Basis of Antagonist Selectivity

Balaji Selvam, Jeff Wereszczynski, Irina G. Tikhonova

Журнал:

Chemical Biology & Drug Design

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 900 KB

english, 2012

The binding mechanism, multiple binding modes, and allosteric regulation of Staphylococcus aureus Sortase A probed by molecular dynamics simulations

Kappel, Kalli, Wereszczynski, Jeff, Clubb, Robert T., McCammon, J. Andrew

Журнал:

Protein Science

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.13 MB

english, 2012

Free Energy Calculations Reveal Rotating-Ratchet Mechanism for DNA Supercoil Relaxation by Topoisomerase IB and its Inhibition

Wereszczynski, Jeff, Andricioaei, Ioan

Журнал:

Lillian, Todd D., Taranova, Maryna, Wereszczynski, Jeff, Andricioaei, Ioan, Perkins, N.C.

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 869 KB

english, 2010

A Multiscale Dynamic Model of DNA Supercoil Relaxation by Topoisomerase IB

Журнал:

Chan, Albert H., Wereszczynski, Jeff, Amer, Brendan R., Yi, Sung Wook, Jung, Michael E., McCammon, J. Andrew, Clubb, Robert T.

Рік:

2011

Мова:

english

Файл:

PDF, 509 KB

english, 2011

Discovery of Staphylococcus aureus Sortase A Inhibitors Using Virtual Screening and the Relaxed Complex Scheme

Журнал:

Chemical Biology & Drug Design

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 334 KB

english, 2013

Simulations of Biased Agonists in the β 2 Adrenergic Receptor with Accelerated Molecular Dynamics

Tikhonova, Irina G., Selvam, Balaji, Ivetac, Anthony, Wereszczynski, Jeff, McCammon, J. Andrew

Журнал:

Biochemistry

Рік:

2013

Мова:

english

Файл:

PDF, 3.99 MB

english, 2013

Using Selectively Applied Accelerated Molecular Dynamics to Enhance Free Energy Calculations

Wereszczynski, Jeff, McCammon, J. Andrew

Журнал:

Journal of Chemical Theory and Computation

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.27 MB

english, 2010

Computational Studies of the Catalytic Mechanism of the Staphylococcus Aureus Sortase a Enzyme

Shrestha, Pooja, Wereszczynski, Jeff

Журнал:

Kappel, Kalli, Wereszczynski, Jeff, McCammon, J. Andrew

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 38 KB

english, 2014

Conventional and Accelerated Molecular Dynamics Simulations of Staphylococcus Aureus Sortase A

Журнал:

Wereszczynski, Jeff, McCammon, James Andrew

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 43 KB

english, 2012

Molecular Dynamics Simulations of the AAA Protein P97

Журнал:

Wereszczynski, Jeff, McCammon, J. Andrew

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 54 KB

english, 2010

The Nucleotide Dependent Mechanism of Get3 as Revealed by Molecular Dynamics Simulations

Журнал:

Jacobitz, Alex W., Wereszczynski, Jeff, Yi, Sung Wook, Amer, Brendan R., Huang, Grace L., Nguyen, Angelyn V., Sawaya, Michael R., Jung, Michael E., McCammon, J Andrew, Clubb, Robert T.

Рік:

2012

Мова:

english

Файл:

PDF, 38 KB

english, 2012

Structural and Computational Studies of the Staphylococcus Aureus Sortase B-Substrate Complex Provide New Insight into the Mechanism of Sortase Transpeptidases

Журнал:

Wereszczynski, Jeff, Andricioaei, Ioan

Рік:

2014

Мова:

english

Файл:

PDF, 79 KB

english, 2014

Conformational and Solvent Entropy Contributions to the Thermal Response of Nucleic Acid-Based Nanothermometers

Журнал:

Mentes, Ahmet, Florescu, Ana Maria, Brunk, Elizabeth, Wereszczynski, Jeff, Joyeux, Marc, Andricioaei, Ioan

Рік:

2010

Мова:

english

Файл:

PDF, 692 KB

english, 2010

Free-Energy Landscape and Characteristic Forces for the Initiation of DNA Unzipping

Журнал:

MacFadyen, James, Wereszczynski, Jeff, Andricioaei, Ioan

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.53 MB

english, 2015

Directionally negative friction: A method for enhanced sampling of rare event kinetics

Журнал:

The Journal of Chemical Physics

Рік:

2008

Мова:

english

Файл:

PDF, 631 KB

english, 2008

Effects of MacroH2A and H2A.Z on Nucleosome Dynamics as Elucidated by Molecular Dynamics Simulations

Bowerman, Samuel, Wereszczynski, Jeff

Журнал:

Jacobitz, Alex William, Naziga, Emmanuel Baribefe, Yi, Sung Wook, McConnell, Scott A., Peterson, Robert D, Jung, Michael E, Clubb, Robert T, Wereszczynski, Jeff

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.09 MB

english, 2016

The "Lid" in the Streptococcus pneumoniae SrtC1 Sortase Adopts a Rigid Structure That Regulates Substrate Access to the Active Site

Журнал:

Bowerman, Samuel, Wereszczynski, Jeff

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.28 MB

english, 2016

Allosteric Networks in the Nucleosome Core Particle

Журнал:

Alwarawrah, Mohammad, Wereszczynski, Jeff

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 37 KB

english, 2016

Interaction of PKCα-C2 Domain with Lipid Bilayer: A Molecular Dynamics Study

Журнал:

Shrestha, Pooja, Wereszczynski, Jeff

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 41 KB

english, 2016

Discerning the catalytic mechanism of Staphylococcus aureus sortase A with QM/MM free energy calculations

Журнал:

Journal of Molecular Graphics and Modelling

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.39 MB

english, 2016

Lid Conformational Dynamics and Substrate Specificity of the Pili Constructing Sortase C Enzymes

Naziga, Emmanuel, Wereszczynski, Jeff

Журнал:

Bowerman, Samuel, Wereszczynski, Jeff

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 63 KB

english, 2016

Effects of Histone Variants MacroH2A and H2A.Z on Nucleosome Dynamics

Журнал:

Alwarawrah, Mohammad, Wereszczynski, Jeff

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 40 KB

english, 2015

Development of a Novel Coarse-Grained Model of the Nucleosome Core Particle for Long-Timescale Simulations

Журнал:

Naziga, Emmanuel B., Wereszczynski, Jeff

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 42 KB

english, 2015

Conformational Dynamics of the Pili Constructing Sortase C Enzymes

Журнал:

Рік:

2015

Мова:

english

Файл:

PDF, 39 KB

english, 2015

Molecular Basis for the Role of Cationic Residues in Antimicrobial Peptide Interactions

Журнал:

Alwarawrah, Mohammad, Wereszczynski, Jeff

Рік:

2016

Мова:

english

Файл:

PDF, 39 KB

english, 2016

Investigation of the Effect of Bilayer Composition on PKCα-C2 Domain Docking Using Molecular Dynamics Simulations

Журнал:

Chemical Biology & Drug Design

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.32 MB

english, 2017

NMR structure-based optimization of Staphylococcus aureus sortase A pyridazinone inhibitors

Chan, Albert H., Yi, Sung Wook, Weiner, Ethan M., Amer, Brendan R., Sue, Christopher K., Wereszczynski, Jeff, Dillen, Carly A., Senese, Silvia, Torres, Jorge Z., McCammon, J. Andrew, Miller, Lloyd S.,

Журнал:

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 1.67 MB

english, 2017

Bayesian Refinement of Accelerated Molecular Dynamics Simulations for Interpreting SAXS Experiments

Bowerman, Samuel, Rice, Amy, Wereszczynski, Jeff

Журнал:

Rodriguez Ropero, Francisco, Wereszczynski, Jeff

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 43 KB

english, 2017

Understanding Chromatin Structure and Dynamics: A Molecular Dynamics Study

Журнал:

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 41 KB

english, 2017

Molecular Basis for the Role of Cationic Residues in Antimicrobial Peptide Interactions

Журнал:

Naziga, Emmanuel, Wereszczynski, Jeff

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 43 KB

english, 2017

Equilibrium Molecular Dynamics of the Monomer and Dimer Units of Streptococcus Pnuemonae and Corynebacterium Diphtheriae Pili

Журнал:

Bowerman, Samuel, Rana, Ambar S.J.B., Rice, Amy M., Pham, Grace H., Strieter, Eric R, Wereszczynski, Jeff

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 46 KB

english, 2017

Determining Atomistic SAXS Models of Tri-Ubiquitin Chains from Bayesian Analysis of Accelerated Molecular Dynamics Simulations

Журнал:

Journal of Chemical Theory and Computation

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 2.77 MB

english, 2017

Molecular Mechanisms of the Binding and Specificity of Streptococcus Pneumoniae Sortase C Enzymes for Pilin Subunits

Naziga, Emmanuel B., Wereszczynski, Jeff

Журнал:

Scientific Reports

Рік:

2017

Мова:

english

Файл:

PDF, 7.22 MB

english, 2017

Solution Ensemble of the macroH2A Nucleosome with Linker Sequence

Bowerman, Samuel, Chakravarthy, Srinivas, Wereszczynski, Jeff

Журнал:

Naziga, Emmanuel, Wereszczynski, Jeff

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 44 KB

english, 2018

Molecular Dynamics of Streptococcus pnuenomae and Corynebacterium diphtheriae Pili

Журнал:

Morrison, Emma A, Bowerman, Samuel, Sylvers, Kelli L, Wereszczynski, Jeff, Musselman, Catherine A

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 67 KB

english, 2018

The conformation of the histone H3 tail inhibits association of the BPTF PHD finger with the nucleosome

Журнал:

eLife

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 4.67 MB

english, 2018

The Effects of Linker Histone Isoforms on the Structure and Dynamics of the Chromatosome

Woods, Dustin C., Wereszczynski, Jeff

Журнал:

Rodriguez Ropero, Francisco, Wereszczynski, Jeff

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 41 KB

english, 2018

Impact of the Linker Histone H1 on the Structure and Dynamics of Chromatin Fibers: A Molecular Dynamics Study

Журнал:

Morrison, Emma A., Bowerman, Samuel, Sylvers, Kelli, Wereszczynski, Jeff, Musselman, Catherine A.

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 44 KB

english, 2018

Histone H3 Tail Conformation Regulates Nucleosome Association by the BPTF PHD Finger

Журнал:

Bowerman, Samuel, Hickok, Robert J., Wereszczynski, Jeff

Рік:

2018

Мова:

english

Файл:

PDF, 43 KB

english, 2018

Unique Dynamics in Asymmetric macroH2A-H2A Hybrid Nucleosomes Result in Increased Complex Stability

Журнал: